肿瘤免疫治疗生物标志物研究进展
本世纪，免疫治疗的出现，让人类在与癌症的战争中，取得了巨大的胜利，改写了癌症治疗史。时至今日，免疫治疗已经遍地开花，挽救了很多癌症患者的生命。不过，目前免疫治疗仍然只能惠及一部分癌症患者，还有很多患者不能从这两种疗法中获益。如何让更多的患者从免疫治疗中受益，日渐成为科学家和医生研究的重点。
应对这个问题主要从寻找有效的生物标志物入手。事实上，生物标志物仍然是免疫治疗的重大挑战，不仅可以帮助我们筛选能够从免疫治疗中获益的人群，还能够避免治疗不响应者的不必要花费、超进展和可能的严重毒性。此外，生物标志物还可以帮助我们筛选免疫联合治疗的合适人群。
RareCyte联合哈佛大学医学院开发了一种基于图像的DNA/RNA驱动的生物标志物发现的方法。
Pick-Seq®在RNA-Seq中的应用流程：
CyteFinder®全景成像
使用连续的三张扁桃体石蜡组织切片，在第一张切片上进行多靶点染色，CyteFinder全景扫描后，A图展示的是扁桃体切片全景成像，B图是鉴定出含T细胞和囊泡的ROIs区域（10X物镜）。
CytePicker®组织微区域提取和确认
在第二张切片上只进行细胞核染色（多色有可能损伤细胞RNA），和第一张切片多靶点染色结果相匹配，将T细胞和囊泡的ROIs区域各提取五份样。
RNA提取和研究
10份样本进行单细胞转录组测序，分层聚类和差异表达基因分析：囊泡中标记B细胞的标志物（蓝色）增加，囊泡外获取的T细胞标志物表达增加。
FPKM（每千碱基百万片段）分析显示相邻卵泡中的标志物CD19、CD20和CD21表达不同。
基因表达数据分析显示，从囊泡A和囊泡B微小区域中提取的细胞彼此独立，且都与T细胞区微小区域分离。
RNA研究结果验证
在第三张切片上验证CD4、CD19、CD20、CD21和SYTOX Orange染色连续切片研究结果。
免疫荧光证实CD21基因表达结果：囊泡A内包含生发中心。
组织微区域的免疫细胞数量
ROI中mRNA表达谱（FPKM）的CIBERSORT分析：利用基质的白细胞识别标志LM22的特征，CIBERSORT去卷积在T细胞区和B细胞滤泡之间显示出两种不同的细胞组成。
总结
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扁桃体石蜡切片高分辨率成像的连续切片中提取微区域进行转录组学分析，揭示了依赖于结构的基因差异表达。
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根据RNA的研究结果对另一个连续切片进行染色，免疫荧光证实了RNA-seq结果的准确性。
